Il potenziamento della linea Rho-Gallarate mediante l'allargamento della sede ferroviaria esistente non è fattibile con gli adeguati margini di sicurezza e sostenibilità che una tale opera necessariamente richiede, dati i vincoli fisici presenti sul territorio (abitazioni e stabilimenti produttivi adiacenti alla ferrovia lungo tutta la tratta). Questo dato di fatto era alla base della progettazione preliminare ed è stato confermato dal Ministero dell'Ambiente, dal TAR, dal Consiglio di Stato e dal Consiglio Superiore dei Lavori Pubblici. Inoltre è stato ulteriormente riconfermato dalle problematiche di sicurezza, rumore, vibrazioni e interferenze con edifici residenziali e altre infrastrutture (canali, strade, ponti, sottopassi ecc.): problematiche che sono rimaste irrisolte (e irrisolvibili) nonostante il progetto sia stato ripresentato per 3 volte (quella in corso è la quarta).
Questo spiega anche l'altissimo costo dell'opera: 402 milioni di € per soli 8,9 km di linea (fino a Parabiago) e 728 milioni di € per 25 km (fino a Gallarate)